A origem do Pastel de Nata é muito anterior à do Pastel de Belém e pode ser encontrada em vários documentos. O primeiro registo encontra-se no Livro de Cozinha de Infanta D. Maria de Portugal (1538-1577), neta de D. Manuel I.

"No início do Século XIX, em Belém, junto ao Mosteiro dos Jerónimos, laborava uma refinação de cana-de-açúcar associada a um pequeno local de comércio variado. Como consequência da revolução Liberal ocorrida em 1820, são em 1834 encerrados todos os conventos e mosteiros de Portugal, expulsando o clero e os trabalhadores. Numa tentativa de sobrevivência, alguém do Mosteiro põe à venda nessa loja uns doces pastéis, rapidamente designados por “Pastéis de Belém”. Na época, a zona de Belém era distante da cidade de Lisboa e o percurso era assegurado por barcos de vapor. No entanto, a imponência do Mosteiro dos Jerónimos e da Torre de Belém, atraía os visitantes que depressa se habituaram a saborear os deliciosos pastéis originários do Mosteiro. Em 1837, inicia-se o fabrico dos “Pastéis de Belém”, em instalações anexas à refinação, segundo a antiga “receita secreta”, oriunda do Mosteiro. Transmitida e exclusivamente conhecida pelos mestres pasteleiros que os fabricam artesanalmente, na “Oficina do Segredo”. Esta receita mantém-se igual até aos dias de hoje."